Vatnsgæði hafa mikil áhrif á fiskeldi. Þess vegna er sérstaklega mikilvægt fyrir fiskeldi að vera kunnugur greiningarvísum, framkvæma reglulegar skoðanir á vatnsgæðum og bregðast við breytingum á vatnsgæðavísum tímanlega.
Helstu prófunarþættir fyrir fiskeldisvatn eru meðal annars sýrustig (pH), ammoníak-nitur, uppleyst súrefni, nítrít, súlfíð og selta. Meðal þeirra eru uppleyst súrefni og rétt sýrustig nauðsynleg skilyrði, en ammoníak-nitur, nítrít-nitur og súlfíð eru helstu eiturefnin sem myndast í efnaskiptum fiska og rækju. Nákvæmar og tímanlegar mælingar á styrk þessara efna og síðan viðeigandi ráðstafanir geta bætt lifunartíðni fiska og rækju til muna og dregið úr kostnaði við ræktun.